ピラミッド貿易のウェン・ローらは新型インフルエンザウイルスを生み出すことで中国政府の転覆を図るが、手違いによりウイルスが外部に流出し、中国北部で感染者が発生する。ウイルスが全世界に拡散して多数の死者が発生することを恐れた中国はアメリカに支援を求め、ウイルス学者のソン・リーをフロリダ州のボーンフィッシュ・キー海洋研究所に送りこみ、ワクチン開発にあたらせる。

有望な化合物を発見した研究所のスタッフは、極秘の場所に設置された海底研究所に移動し研究を続ける。その情報を知ったピラミッド貿易はワクチンを独占するために海底研究所をハイジャックして強制的に移動させる。

一方、ボーンフィッシュ・キー研究所の所長マックス・ケインと一緒に海底探査を行っていたオースチンとザバーラは何者かの妨害工作を受ける。その工作の陰にピラミッド貿易が存在していることを知った彼らはピラミッド貿易の調査を開始し、ピラミッド貿易の意図を知る。

彼らはウイルスの蔓延を防止するために海底研究所を見つけ出そうとミクロネシアに飛ぶが場所の特定に難渋する。NUMAのトラウト夫妻とリーは、1848年にミクロネシアで起こった捕鯨船員のウイルス感染事件が場所の特定のヒントとなる可能性に気づき、航海日誌を追跡する。

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●フロリダ

	A: パイン島 この近くにボーンフィッシュ・キーがある。

●バミューダ諸島

A: ノンサッチ島　この近辺でザバーラらがバチスフィアに乗る。

●ミクロネシア

A: ボーンフィッシュ・キー　 B: ポンペイ島 赤枠: ポンペイ・トライアングル　＜海の墓場＞の捜索範囲

	タイフーン級潜水艦
	バチスフィア
	大気圧潜水服（一例）
	ハコクラゲ（キロネックス・フレッケリ）
	ナンマドール遺跡 ポンペイ島にある。
	シーホーク ザバーラがポンペイ島からコンコード号に向かう。